色氨酸是人体中重要的神经递质—5羟色胺的前体，属于人体的必需氨基酸之一。肠道菌群是人类体内真实存在的内分泌器官，其产生的分子与人类机体的生理机能相互作用并在局部和远端部位引发反应。大量的代谢物驱动着人类机体与其体内菌群之间的稳态平衡。

　　由于其为人体和肠道菌群合成大量代谢物的前体物质，临床用于治疗“糙皮病”（烟酸缺乏症）和调节精神节律、改善睡眠。色氨酸是富含蛋白质的食品的一个常规成分，在巧克力、燕麦、乾枣、牛奶、酸奶、奶酪、红肉、蛋类、鱼类、家禽、芝麻、葵花籽、南瓜籽、螺旋藻、香蕉和花生中特别丰富。它为重要的营养补充剂，由于其能够影响脑中5-HT的水平，也被认为可以影响情绪，适当服用有助于缓解抑郁症状。临床上患者缺乏它就会导致血浆中色氨酸已经下降，当减少到正常值的60％时会引起情绪变化。有家族或个人抑郁症史的人或正遭受慢性应激的人可能对通过饮食引起的变化更为敏感。当它耗竭过程中引起负面情绪时，后续耗竭会导致更明显的消极情绪，适当补充对人体是有益的。

　　细菌酵解膳食纤维而来的短链脂肪酸、经由肝脏产生并通过肠道菌群转化而影响全身的胆汁酸以及色氨酸代谢物三种。人类肠道菌群参与了肠道色氨酸代谢，并居重要地位。肠道菌群调节肠道色氨酸代谢限速酶或色氨酸代谢物，经肠道受体致使色氨酸发挥自身的生物学功效。在肠屏障、肠道免疫和内分泌功能、肠道动力等诸多方面，肠道色氨酸及其代谢物都与肠道菌群发生了紧密的交互作用。